在简易计税方法下，可以扣除分包款；在一般计税方法下，建筑企业只在预交税款时可以扣除分包款，实际计算缴纳税款时不能直接扣除分包款，而是根据分包方开出的增值税专票认证，计入进项税额，实现税额抵扣，而不通过应交税费——应交增值税（销项税额抵减）。
依据：
财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知
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