发卡机构、清算机构和收单机构提供银行卡跨机构资金清算服务，按照以下规定执行：
1、发卡机构以其向收单机构收取的发卡行服务费为销售额，并按照此销售额向清算机构开具增值税发票。
2、清算机构以其向发卡机构、收单机构收取的网络服务费为销售额，并按照发卡机构支付的网络服务费向发卡机构开具增值税发票，按照收单机构支付的网络服务费向收单机构开具增值税发票。
清算机构从发卡机构取得的增值税发票上记载的发卡行服务费，一并计入清算机构的销售额，并由清算机构按照此销售额向收单机构开具增值税发票。
3、收单机构以其向商户收取的收单服务费为销售额，并按照此销售额向商户开具增值税发票。
依据：
国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告
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