单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人(以下统称承包人)以发包人、出租人、被挂靠人(以下统称发包人)名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以该发包人为纳税人。否则，以承包人为纳税人。因此，该运输企业以挂靠方式经营，以被挂靠人名义对外经营并由被挂靠人承担相关法律责任的，以被挂靠人作为增值税纳税人。
依据：
财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知
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