发票开票额大于核定定额税款增值税，怎么缴纳？

对实行定期定额征收方法的纳税人正常申报时，按以下方法进行清算：
一、每月开票金额大于应征增值税税额的，以开票金额数为依据征收税款，并作为下一年度核定定期定额的依据。
二、每月开票金额小于应征增值税税额的，按应征增值税税额数征收税款。 
定期定额户发生下列情形，应当向税务机关办理相关纳税事宜：
三、定额与发票开具金额或税控收款机记录数据比对后，超过定额的经营额、所得额所应缴纳的税款； 

依据：
个体工商户税收定期定额征收管理办法
国家税务总局关于加强税务机关代开增值税专用发票管理问题的通知