转让不动产以契税计税金额差额扣除的，增值税怎么缴纳？

一、纳税人转让不动产，按照有关规定差额缴纳增值税的，如因丢失等原因无法提供取得不动产时的发票，可向税务机关提供其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料，进行差额扣除。视具体情况计算缴纳增值税。
二、纳税人以契税计税金额进行差额扣除的，按照下列公式计算增值税应纳税额：
（一）2016年4月30日及以前缴纳契税的
增值税应纳税额=［全部交易价格（含增值税）-契税计税金额（含营业税）］÷（1+5%）×5%
（二）2016年5月1日及以后缴纳契税的
增值税应纳税额=［全部交易价格（含增值税）÷（1+5%）-契税计税金额（不含增值税）］×5%
三、其他个人以外的纳税人转让其取得的不动产，区分以下情形计算应向不动产所在地主管税务机关预缴的税款：
（一）以转让不动产取得的全部价款和价外费用作为预缴税款计算依据的，计算公式为：
应预缴税款=全部价款和价外费用÷（1+5%）×5%
（二）以转让不动产取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额作为预缴税款计算依据的，计算公式为：
应预缴税款=（全部价款和价外费用-不动产购置原价或者取得不动产时的作价）÷（1+5%）×5%
五、其他个人转让其取得的不动产，按照本办法第六条规定的计算方法计算应纳税额并向不动产所在地主管税务机关申报纳税。

依据：
国家税务总局关于发布《纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法》的公告
国家税务总局关于纳税人转让不动产缴纳增值税差额扣除有关问题的公告