增值税申报时应缴的增值税低于预缴增值税怎么处理？

当预缴税额大于应纳税额时，可向预缴地税务机关结算退税但不向纳税人计退利息。当抵扣的应退税款和欠缴税款属于同一款、项级预算科目时，预缴税额反应到附表四的"期末余额",待下期继续抵减。 

依据：
国家税务总局关于延期申报预缴税款滞纳金问题的批复
国家税务总局关于应退税款抵扣欠缴税款有关问题的通知