汇总缴纳企业所得税的总分机构，二级分支机构存在查补税款，怎么分配缴纳？

二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库;50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。具体的税款缴库程序按照财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。
汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送经二级分支机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和二级分支机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，二级分支机构也应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
因此，查补税款的50%应分配给总机构缴纳，50%分配给参与检查的二级分支机构缴纳，未参与检查的其他二级分支机构不参与分配。

依据：
国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告