全国股转系统的主要特征表现为：
一是服务对象主要是中小微企业。《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发〔2013〕49号）明确了全国股转系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。在准入条件上，不设财务门槛，申请挂牌的公司可以尚未蓋利，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确的股份公司均可以经主办券商推荐申请在全国股转系统挂牌。但挂牌公司必须履行信息披露义务，所披露的信息应当真实、准确、完整。
二是全国股转系统内部进一步分层。在2021年北京证券交易所建立之前，全国股转系统分为基础层、创新层和粘选层。北京证券交易所建立之后，原精选层的挂牌公司已全部转为北京证券交易所第一批上市公司，因此目前全国股转系统分为基础层和创新层。不同层级挂牌公司实施差异化的信息披露制度
三是投资者有资质要求：全国股转系统性质上属于公开型场外市场，发行人挂牌门槛较低，因此对于投资者实行了较为严格的投资者适当性制度，未来的发展方向将是一个以机构投资者为主的市场这是因为在全国股转系统挂牌的中小微企业具有业绩波动大、风险较高的特点，所以应当严格自然人投资者的准入条件，并积极培育和发展机构投资者队伍。
四是全国股转系统采取多元化交易机制，股票转让可以采取协汉方式、做市方式、竞价方式或其他中国证监会批准的转让方式。
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