纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，应当区别以下情形办理纳税申报：
一、居民个人取得综合所得的，需要办理汇算清缴的纳税人，应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税年度自行纳税申报表》。纳税人有两处以上任职、受雇单位的，选择向其中一处任职、受雇单位所在地主管税务机关办理纳税申报；纳税人没有任职、受雇单位的，向户籍所在地或经常居住地主管税务机关办理纳税申报。
纳税人办理综合所得汇算清缴，应当准备与收入、专项扣除、专项附加扣除、依法确定的其他扣除、捐赠、享受税收优惠等相关的资料，并按规定留存备查或报送。
二、非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得的，应当在取得所得的次年6月30日前，向扣缴义务人所在地主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税自行纳税申报表（A表）》。有两个以上扣缴义务人均未扣缴税款的，选择向其中一处扣缴义务人所在地主管税务机关办理纳税申报。 非居民个人在次年6月30日前离境（临时离境除外）的，应当在离境前办理纳税申报。
三、纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得的，应当在取得所得的次年6月30日前，按相关规定向主管税务机关办理纳税申报，并报送《个人所得税自行纳税申报表（A表）》。 税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。
纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，按规定自行申报时不会产生滞纳金。但是扣缴义务人未扣缴税款，需要依照《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律、行政法规处理。
依据：
国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告
关于发布《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》的公告
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