行政性垄断现象出现和长期存在的原因比较复杂。
一是政府职能转变不到位。我国社会主义市场经济体制尚不完善，长期在计划经济体制下运行导致的政府包揽全局、权力高度集中的惯性依然存在，政府还未能完全转变到现代市场经济条件下承担宏观调控、市场规制、公共服务、社会管理等有限职能的角色上来。政府有时甚至直接参与、推动和指挥具体的经济活动。这在客观上为行政性垄断提供了条件。
二是利益驱动是直接动因。现有的财税体制使地方财政收入与本地经济发展和税收状况紧密相关；同时，公务员的工资福利也与本部门和单位的经济效益挂钩。因此，为保护和谋求地方利益、部门利益、系统利益甚至单位利益等目的而实施行政性垄断也就不足为怪了。
三是观念原因。一些地方、部门负责人的全局意识、法律意识和市场意识不强，不能正确处理局部利益和整体利益、当前利益与长远利益的关系。四是制度原因。我国规范行政权力运行程序、运行方式的制度不够健全，行政权力的具体边界不十分清楚。
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