一、对税务机关错误录入代码或号码后又被纳税人开具的专用发票，按以下办法处理：
（一）纳税人当月发现上述问题的，应按照专用发票使用管理的有关规定，对纸质专用发票和防伪税控发票系统中专用发票电子信息同时进行作废，并及时报主管税务机关。纳税人在以后月份发现的，应按有关规定开具负数专用发票。
（二）主管税务机关按照有关规定追究有关人员责任，同时将有关情况，如发生原因、主管税务机关名称、编号、纳税人名称、纳税人识别号、发票代码号码（包括错误的和正确的）、发生时间、责任人以及处理意见或请求等，逐级上报至总局。
（三）对涉及发票数量多，影响面较大的，总局将按规定程序对“全国作废发票数据库”进行修正。
二、在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。
依据：
国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知
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