建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。 建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税，按照以下方法进行预缴：总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳。
因此，建筑企业跨地区设立工程项目部，总公司可以扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额缴纳企业所得税。
依据：
国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知
- 关于扩大小规模纳税人自行开具增值税专用发票试点范围等事项的公告
- 关于营业税改征增值税试点有关文化事业建设费登记与申报事项的公告
- 国家税务总局关于全面推行增值税发票系统升级版工作有关问题的通知
- 国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告
- 浙江省人力资源和社会保障厅 浙江省发展改革委 浙江省财政厅 国家税务总局浙江省税务局转发人力资源社会保障部 国家发展改革委 财政部 税务总局关于扩大阶段性缓缴社会保险费政策实施范围等问题的通知（浙江省）
- 财政部 税务总局 中央宣传部关于继续实施文化体制改革中经营性文化事业单位转制为企业若干税收政策的通知
- 国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠政策有关问题的公告
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