雇主为其雇员负担部分税款的处理：
一、雇主为其雇员定额负担税款的，应将雇员取得的工资、薪金所得换算成应纳税所得税后，计算征收个人所得税。
工资薪金收入换算成应纳税所得额的计算公式为：
应纳税所得税＝雇员取得的工资＋雇主代雇员负担的税款－费用扣除标准。
二、雇主为其雇员负担一定比例的工资应纳的税款或者负担一定比例的实际应纳税款的，应将国税发〔1994〕89号第十四条法规的不含税收入额计算应纳税所得额的公式中‘不含税收入额’替换为‘未含雇主负担的税款的收入额’，同时将速算扣除数和税率二项分别乘以上述的‘负担比例’，按此调整后的公式，以其未含雇主负担的税款的收入额换算成应纳税所得额，并计算应纳税款。
即：应纳税所得＝（未含雇主负担的税款的收入额－费用扣除标准－速算扣除数×负担比例）÷（1－税率×负担比例）
应纳税额＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数
依据：
国家税务总局关于雇主为其雇员负担个人所得税税款计征问题的通知
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