货物运输业小规模纳税人申请税务机关代开增值税专用发票有其特殊规定，主要包括以下内容。
一、适用范围。
同时具备以下条件的增值税纳税人(以下简称纳税人):
1、在中华人民共和国境内(以下简称境内)提供公路或内河货物运输服务，并办理了税务登记(包括临时税务登记)。
2、提供公路货物运输服务的(以4.5吨及以下普通货运车辆从事普通道路货物运输经营的除外)，取得《中华人民共和国道路运输经营许可证》和《中华人民共和国道路运输证》；提供内河货物运输服务的，取得《国内水路运输经营许可证》和《船舶营业运输证》。
3、在税务登记地主管税务机关按增值税小规模纳税人管理。
二、申请代开增值税专用发票的地点。
纳税人在境内提供公路或内河货物运输服务,需要开具增值税专用发票的，可在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地(含互联网物流平台所在地)中任何一地，就近向税务机关(以下称代开单位)申请代开增值税专用发票。
三、代开增值税专用发票需要提供的资料。
纳税人应将营运资质和营运机动车、船舶信息向主管税务机关进行备案。完成备案后，纳税人可向代开单位申请代开增值税专用发票，并向代开单位提供以下资料：
1、《货物运输业代开增值税专用发票缴纳税款申报单》。
2、加载统一社会信用代码的营业执照(或税务登记证或组织机构代码证)复印件。
3、经办人身份证件及复印件。
四、纳税人申请代开增值税专用发票时，应按照所代开增值税专用发票上注明的税额向代开单位全额缴纳增值税。
五、纳税人代开专用发票后，如发生服务中止、折让、开票有误等情形，需要作废增值税专用发票、开具增值税红字专用发票、重新代开増值税专用发票、办理退税等事宜的，应由原代开单位按照现行规定予以受理。
六、纳税人在非税务登记地申请代开增值税专用发票，不改变主管税务机关对其实施税收管理。
七、纳税人应按照主管税务机关核定的纳税期限，按期计算增值税应纳税额，抵减其申请代开增值税专用发票缴纳的增值税后，向主管税务机关申报缴纳增值税。
八、纳税人代开増值税专用发票对应的销售额，一并计入该纳税人月(季、年)度销售额，作为主管税务机关对其实施税收管理的标准和依据。
对个体工商户、个人独资企业、合伙企业和个人，代开货物运输业增值税发票时，不再预征个人所得税。个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人和其他从事货物运输经营活动的个人，应依法自行申报缴纳经营所得个人所得税。
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