增值税专用发票审核的重点为是否按规定取得增值税专用发票，取得的增值税专用发票是否合法有效。
审核纳税人购进货物、接受应税劳务或应税服务取得增值税专用发票注明的进项税额。首先审査取得的增值税专用发票的真伪，然后审查票面开具的内容是否填写齐全正确,税务登记号是否准确，增值税专用发票“货物或应税劳务、服务名称”或“项目”栏显示并打印的商品和服务税收分类编码简称，与实际是否相符，与税率的勾稽关系是否符合增值税政策规定，建筑服务、货物运输、不动产租赁或销售等业务的增值税专用发票，是否按规定在备注栏注明相应的信息。
审核纳税人据以核算进项税额的增值税专用发票的发票联、抵扣联的记载内容是否一致，丢失增值税专用发票的发票联和抵扣联时,是否取得加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，记载的项目、金额等是否与申报抵扣的相符;丢失增值税专用发票的发票联或抵扣联时，以相应未丢失联次的复印件作为抵扣或退税凭证或记账凭证，处理是否符合规范。
审核纳税人取得的增值税电子专用发票是否与试点抵扣区域范围和时间相符；以增值税电子专用发票的纸质打印件作为抵扣凭证的,是否同时保存打印该纸质件的增值税电子专用发票。
审核纳税人购进货物是否与购货方的生产、经营相关。
一、核对生产经营范围；
二、核对“原材料”“库存商品”明细账,防止虚开、代开增值税专用发票。
审核增值税专用发票和增值税电子专用发票是否按规定在增值税发票综合服务平台进行用途确认;对已确认用途的增值税专用发票和增值税电子专用发票，改变用途时是否向主管税务机关申请后按规定调整用途确认。
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