通常情况下，小规模纳税人发生应税行为以取得的全部价款和价外费用为依据计算应纳增值税额。但营改增试点政策规定，部分特定应税行为的应税销售额允许按扣除项目后的余额计算应纳增值税额。对这部分扣除项目的审核,也是在小规模纳税人审核中应特别关注的问题。
1、建筑服务分包支出的审核。应审核建筑服务分包支出是否真实；是否属于收入对应项目所发生的支出；收到建筑服务分包支出的发票是否有效。
2、不动产购置原值的审核。应审核所销售的不动产购置原值或取得时的作价是否正确,有无把购置或取得时的税费也计入其中；所扣除的购置原值或取得时的作价是否有合法有效的扣除凭证;扣除凭证记载金额与扣除金额是否一致。
3、金融商品买入价的审核。应审核金融商品买入价金额是否准确，是否按规定的加权平均办法计算;买入价中有无将购买或销售过程中的税费也计入其中；金融商品转让的正负差相抵、结转是否符合政策规定。对持有的限售股在解禁流通后对外转让取得的收入，应结合限售股的形成类型，审核确定的买入价是否准确。
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