一、采取查账征税方法应税所得的核査
根据纳税人对外签订的合同，对照会计账簿及收支原始凭证，核查常驻代表机构的佣金、回扣收入是否全部入账,有无收入结算、支付地点在境外,或者直接支付给总机构而未记收入的情况。代表机构应按照《税收征收管理法》及有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿。根据合法、有效凭证记账进行核算,并按照其实际履行的功能与承担的风险相匹配的原则，准确计算应纳税所得额,据实申报缴纳企业所得税。
二、釆取核定征税方法应税所得的核査
根据纳税人的经费支出明细账,对照银行存款对账单，审核企业计税费用支出是否全部入账，有无应由纳税人负担但未在账面中反映的费用，如总机构直接支付给常驻代表机构雇员的工资可不入账，但属于该纳税人的经费支出。审核有无将发生的利息收入冲减经费支出的问题，有无属于纳税人的经费支出，如支付的滞纳金、罚款等，不应并入应纳税所得额的情况。对账簿不健全、不能准确核算收入或成本费用，以及无法按査账征税办法据实申报的代表机构。
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