国际运输船舶增值税退税办理根据国家税务总局关于发布《国际运输船舶增值税退税管理办法》的公告来办理。
一、 运输企业船舶退税的申报期限，为购进船舶之日（以发票开具日期为准）次月1日起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期。
二、 运输企业在退税申报期内，凭下列资料及电子数据向主管税务机关申请办理船舶退税：
（一）财税〔2020〕41号文件第三条第1项、第2项规定的资料复印件，或者财税〔2020〕52号文件第三条第1项、第2项规定的资料复印件。其中，已向主管税务机关提供过的资料，如无变化，可不再重复提供。
（二）《购进自用货物退税申报表》及其电子数据。该表在《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》(2012年第24号)发布。填写该表时，应在业务类型栏填写“CBTS”,备注栏填写“船舶退税”。 （三）境内建造船舶企业开具的增值税专用发票及其电子信息。
（四）主管税务机关要求提供的其他资料。
上述增值税专用发票，应当已通过增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”。上述资料运输企业可通过电子化方式提交。
三、 运输企业申报船舶退税，主管税务机关经审核符合规定的，应按规定及时办理退税。审核中发现疑点，主管税务机关应在确认运输企业购进船舶取得的增值税专用发票真实、发票所列船舶已按规定申报纳税后，方可办理退税。
四、运输企业购进船舶取得的增值税专用发票，已用于进项税额抵扣的，不得申报船舶退税；已用于船舶退税的，不得用于进项税额抵扣。
五、 已办理增值税退税的船舶发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输（或港澳台运输）业务等情形，不再符合财税〔2020〕41号文件、财税〔2020〕52号文件退税条件的，运输企业应在条件变更次月纳税申报期内，向主管税务机关补缴已退税款。未按规定补缴的，税务机关应当按照现行规定追回已退税款。 应补缴税款＝购进船舶的增值税专用发票注明的税额×（净值÷原值） 净值＝原值-累计折旧
依据：
国家税务总局关于发布《国际运输船舶增值税退税管理办法》的公告
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