印花税应税合同是指纳税人在经济活动和经济交往中书立的各类经济合同或具有合同性质的凭证。
1、审核征税范围。纳税人在经济交往中书立的凭证种类很多，鉴别所书立的凭证是否具有合同性质，是判别征免的主要标准。在到有关部门掌握凭证书立或领受情况后，应根据有关政策规定，对照纳税人的有关凭证从其内容、性质等方面进行审核。例如，审核纳税人有无错划凭证性质，将应税凭证划为非应税凭证，或因对政策规定理解有误，而将应税凭证作为免税凭证，造成漏纳印花税的问题。
2、审核应税合同的计税依据：
一、合同所载金额有多项内容的，是否按规定计算纳税。例如，对各类技术合同，一般应按合同所载价款、报酬、使用费的合计金额依率计税,但为了鼓励技术研究开发，对技术开发合同，只就合同所载的报酬金额计税,研究开发经费不作为计税依据。若合同约定按研究开发经费一定比例作为报酬的，则应按一定比例的报酬金额计税贴花。
二、已税合同修订后增加金额的，是否补贴印花。按税法规定，已税合同修订后减少金额的，已纳税款不予退还;但增加金额的，应按增加金额计算补贴印花税票。
三、未注明金额或暂时无法确定金额的应税凭证,是否已按规定贴花。对于签订时无法确定金额的应税凭证，在最终结算实际金额后，是否按规定补贴了印花。
四、以外币计价的应税合同，是否按规定将计税金额折合成人民币后计算贴花。
五、当合同中既有免税金额，又有应税金额时,纳税人是否正确计算纳税。
3、审核应税合同的适用税率：
一是纳税人有无将按比例税率和按定额税率计征的凭证相互混淆。如将营业账簿中记载有“实收资本”和“资本公积”的账簿等同于其他账簿,错按定额5元纳税贴花。
二是纳税人有无将载有多项不同性质经济业务的经济合同误用税目税率。例如，一份合同中，分别记载有“加工承揽合同”和“购销合同”的经济内容，纳税人未分别按各自的税目税率计税贴花，而全部套用“购销合同”税目税率计税贴花。对此类合同的审核,应当注意签订合同双方单位的性质、经营范围以及合作内容，借此发现问题。
三是纳税人有无将性质相似的凭证误用税目税率。如将建设工程勘察设计合同错按建筑工程承包合同的税率计税贴花°四是技术合同、租赁合同等，在签订时因无法确定计税金额而暂时按每件5元计税贴花的，是否在结算实际金额时按其实际适用的比例税率计算并补贴了印花。
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