审核企业向税务机关报送所排放应税污染物的种类、数量，大气污染物、水污染物的浓度值是否符合减免税规定，并提供税务机关要求纳税人报送的其他资料。
《环境保护税法》规定，环境保护税的征税主管部门是应税污染物排放地税务机关，且环境保护税款收入全部划归地方所有。同时，省、自治区、直辖市人民政府被授予权限，可以根据实际情况报同级人民代表大会常务委员会决定,并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案后，在法定税额幅度内制定应税污染物的适用税额及同一排放口的应税污染物项目数。此外，环境保护税减免条件中所指“地方规定的排放标准”以及《环境保护税法》提及的地方性政府鼓励措施，也主要依靠地方政府参与制定。
考虑到环境保护税体制下，从政策制定到征管执行各环节中地方政府被给予的充分授权,企业若存在任何不确定事项，应积极主动地与主管税务局及地方环保部门沟通。同时，大企业还应积极做好准备，以享受环境保护税减免税优惠。
一方面，企业需提前了解清楚其适用的国家和地方污染物排放标准，并完成有关减免税优惠条件符合标准的自我检测；
另一方面，企业需要向主管税务机关咨询具体的享受税收优惠操作程序，比如税务优惠备案方式或递交资料等。
最后，为防范潜在的税务风险，企业应妥善保存所有税收优惠相关的支持证明材料。
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