运输企业购进船舶的增值税专用发票，应当通过登录浙江省电子税务局-我要办税-税务数字账户模块确认用途为“用于出口退税”。
【提示】 自2023年4月27日起，非特定业务类型的浙江省（不含宁波）纳税人取得“电子发票（增值税专用发票）”字样的数电票“电子发票（普通发票）”字样的数电票、纸质专票和纸质普票等符合规定的增值税扣税凭证，如需用于申报抵扣增值税进项税额或申请出口退税、代办退税的，应当登录浙江省电子税务局-【我要办税】-【税务数字账户】-【发票勾选确认】等模块操作，不再使用增值税发票综合服务平台。您可点击https://mp.weixin.qq.com/s/ciG8F9_4T8cNGG0297hcMg，观看操作视频。 特定业务类型（含成品油生产、成品油经销、因业务需要不使用网络开具发票以及使用第三方接口用票的企业）的纳税人继续使用增值税发票综合服务平台操作。 纳税人确认用途有误的，可向主管税务机关申请更正。
依据：
国家税务总局关于发布《国际运输船舶增值税退税管理办法》的公告
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