主管税务机关通过征管信息系统或网上申报系统进行申报比对，并根据比对结果分别采取以下处理流程：
申报比对不相符的，向纳税人反馈比对不相符的内容，并按照下列流程进行处理：
1、申报比对不符的，除符合本项第2点情形外，暂不对其税控设备进行解锁，并将异常比对结果转交申报异常处理岗。
2、纳税人仅因为相关资格尚未备案，造成比对不符的，应当对税控设备进行解锁。
3、异常比对结果经申报异常处理岗核实可以解除异常的，对纳税人税控设备进行解锁;核实后仍不能解除异常的，不得对税控设备解锁，由税源管理部门继续核实处理。
4、异常比对结果经税源管理部门核实可以解除异常的，对纳税人税控设备进行解锁。核实后发现涉嫌虚开发票等严重涉税违法行为，经稽查部门分析判断认为需要稽查立案的，转交稽查部门处理，经处理可以解除异常的，对纳税人税控设备进行解锁。
5、异常比对结果的处理期限，由主管税务机关根据实际情况确定。
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