适用加计抵减政策的纳税人，抵减前的应纳税额等于零的，当期可抵减加计抵减额全部结转下期抵减。
因此，加计抵减额不会对期末留抵税额造成影响。
依据：
关于深化增值税改革有关政策的公告
关于促进服务业领域困难行业纾困发展有关增值税政策的公告
财政部 税务总局关于明确增值税小规模纳税人减免增值税等政策的公告
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