分支机构按以下公式计算分摊税款：
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
计算公式如下：
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和）×0.30。
依据：
国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告
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