一、关于土地增值税清算时收入确认的问题 土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
二、土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。 在计征上述税种时，税务机关核定的计税价格或收入不含增值税。
依据：
关于营改增后契税 房产税 土地增值税 个人所得税计税依据问题的通知
国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知
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