个人独资企业个人所得税征收方式有两种，一种是查账征收，一种是核定征收，其中核定征收方式，包括定额征收、核定应税所得率征收以及其他合理的征收方式。
依据：
财政部 国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知
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