被调查企业不提供特别纳税调查相关资料，或者提供虚假、不完整资料的，由税务机关责令限期改正，逾期仍未改正的，税务机关按照税收征管法及其实施细则有关规定进行处理，并依法核定其应纳税所得额。
依据：
国家税务总局关于发布《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》的公告
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