汇总纳税的企业，其中一个分支机构在年度中间结束经营，进行了注销税务登记，年终汇算清缴时按什么分摊比例进行补税或退税？

以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税； （四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。……预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税，或者经总 分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二 三款情形外，当年不作调整。
汇总清算 企业总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各境内分支机构已预缴的税款，计算出应补应退税款，分别由总机构和各分支机构（不包括当年已办理注销税务登记的分支机构）就地办理税款缴库或退库。
因此，当年有注销分支机构的情况，注销的分支机构应自办理注销税务登记之日起不再就地分摊缴纳企业所得税，并且调整分配比例。年度终了汇算清缴时，按调整后的分配比例计算现有分支机构应补和应退税款。

依据：
国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告