货物运输业小规模纳税人会员向网络平台申请代开增值税专用发票并缴纳增值税后，申报增值税时能否抵减已由试点企业代为缴纳的增值税？

一、试点企业代开增值税专用发票应当缴纳的增值税，由试点企业按月代会员向试点企业主管税务机关申报缴纳，并将完税凭证转交给会员。
二、试点企业办理增值税纳税申报时，代开增值税专用发票对应的收入不属于试点企业的增值税应税收入，无须申报。试点企业应按月将代开增值税专用发票和代缴税款情况向主管税务机关报备，具体报备的有关事项由各省税务局确定。
三、会员应按照其主管税务机关核定的纳税期限，按规定计算增值税应纳税额，抵减已由试点企业代为缴纳的增值税后，向主管税务机关申报纳税。

依据：
国家税务总局关于开展网络平台道路货物运输企业代开增值税专用发票试点工作的通知