小型微利企业认定是由总机构主管税务机关负责的，二级分支机构主管税务机关不必审查其认定证明材料。但总机构主管税务机关需出具说明，表明该企业上年度为小型微利企业，其二级分支机构今年不就地分摊缴纳企业所得税。
依据：
国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告
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