对纳税评估中发现的问题，应区别情况作岀相应的处理：
1、对纳税评估中发现的计算和填写错误、政策和程序理解偏差等一般性问题,或存在的疑点问题经约谈、举证、调査核实等程序认定事实清楚，不具有违法嫌疑,无须立案查处的，可提请纳税人自行改正。需要纳税人自行补充的纳税资料，以及需要纳税人自行补正申报、补缴税款、调整账目的，税务机关督促纳税人按照税法规定逐项落实。
2、对纳税评估中发现的需要提请纳税人进行陈述说明、补充提供举证资料等问题，由主管税务机关约谈纳税人。
税务约谈要经税务机关批准并事先发出《税务约谈通知书》，提前通知纳税人。
税务约谈的对象主要是企业财务会计人员。因评估工作需要，必须约谈企业其他相关人员的，应经批准后通过企业财务部门进行安排。
纳税人因特殊困难不能按时接受税务约谈的，可向税务机关说明情况,经批准后延期进行。
纳税人可以委托税务代理人进行税务约谈。税务代理人代表纳税人进行税务约谈时,应向税务机关提交纳税人委托代理合法证明。
3、对评估分析和税务约谈中发现的必须到生产经营现场了解情况、审核账目凭证的,应经税务机关批准后，进行实地调查核实。对调查核实的情况,要认真记录。需要处理处罚的,要严格按照规定的权限和程序执行。
4、发现纳税人有偷税、逃避追缴欠税、骗取岀口退税、抗税或其他需要立案査处的税收违法行为嫌疑的,要移交税务稽査部门处理。
发现外商投资和外国企业与其关联企业之间的业务往来不按照独立企业业务往来收取或支付价款、费用，需要调查、核实的,应移交上级税务机关处理。
5、对纳税评估工作中发现的问题要作岀评估分析报告,提岀进一步加强征管工作的建议，并将评估工作内容、过程、证据、依据和结论等记入纳税评估工作底稿。
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