二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库;50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。具体的税款缴库程序按照财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。
汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送经二级分支机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和二级分支机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，二级分支机构也应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
因此，查补税款的50%应分配给总机构缴纳，50%分配给参与检查的二级分支机构缴纳，未参与检查的其他二级分支机构不参与分配。
依据：
国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告
- 临时性生活困难补助金需要缴纳个人所得税吗？
- 随军家属无工作生活困难补助需要缴纳个税吗？
- 一般纳税人餐饮公司开具了6%的卷式发票能享受疫情期间的免税政策吗？
- 小规模纳税人增值税申报收入跟开票收入对比不一致怎么填申报表？
- 疫情物资进口免税，要怎么办理？
- 在金税盘中开具的发票已经实时上传，还需要报税吗？
- 金税盘已经抄税未清卡可以领用发票吗？
- 金税盘抄报税后，开票限额降低，怎么办？
- 发生退货，之前开具的发票，金税盘中怎么冲红？
- 金税盘里可以退回发票吗？
- 购空白发票前需要缴纳税款才能申领吗？
- 税控设备清卡时提示数据比对不成功，如何处理？
- 增值税申报比对不相符如何处理？
- 申报时票表稽核异常怎么处理？
- 小规模纳税人登记为一般纳税人后，首次申报无比对结果无法远程清卡怎么处理？
- 抄报失败，提示”该版本非征期不支持上报汇总”，怎么处理？
- 开具发票时，系统提示验签失败，怎么处理？
- 申报增值税比对异常怎么处理？
- 小规模纳税人申报比对信息规则是什么？
- 清卡的时候，他说我数据比对不成功。
- 缴款书稽核比对不通过，需要申请核查吗？
- 海关缴款书当月比对不成功下月可以自动比对吗？
- 上个月的海关缴款书到这个月申报时仍显示滞留，未比对，是否需要重新录入？
- 增值税申报比对异常，清卡不成功，怎么处理？
- 申报增值税时，系统导入的销售额和实际不一致怎么办？
- pulse-jet engine
- pulseless
- pulselessness
- pulselike
- pulse modulation
- pulser
- pulse radar
- pulsers
- pulses
- pulse²
- pulse¹
- pulsimeter
- pulsing
- pulsometer
- pulverable
- pulverise
- pulverised
- pulverises
- pulverising
- pulverizable
- pulverization
- pulverizations
- pulverizator
- pulverize
- pulverized