在审核时，企业环境保护税的税目和税额,应对照《环境保护税税目税额表》计算，并按照《环境保护税法》的规定方法和顺序确定排放量和分贝数，并保存数据证明资料,避免出现申报的数据与环保部门向税务部门交换的数据不一致的情况。
环境保护税实行“企业申报、税务征收、环保协作、信息共享”的新型征管模式：
税务机关主要负责税款征收管理;环保部门主要负责对污染物排放情况进行监测管理。《环境保护税法》规定纳税人有义务在按季或按次申报缴纳税款时，向税务机关报送所排放应税污染物的种类、数量、大气污染物和水污染物的浓度值等纳税资料。同时，环境保护主管部门应当将其监测管理的排污单位的污染物排放数据等资料定期交送给税务机关。
企业需要将环境保护税申报纳入整体税务合规及内部控制管理当中，充分履行其纳税申报以及报送纳税资料的合规义务。由于环境保护税涉及企业内部除财税部门以外的环保、生产等多部门之间的联动配合，因此，企业必须釆取有效的措施，确保其排污数据来源与计税数据处理的连贯性和准确性，申报的数据与环保部门向税务部门交换的数据应致。
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