建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。 建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税，按照以下方法进行预缴：总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳。
因此，建筑企业跨地区设立工程项目部，总公司可以扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额缴纳企业所得税。
依据：
国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知
- 企业可以办理简易注销的情形有哪些？
- 一般纳税人提供建筑服务适用简易计税吗？
- 一般纳税人的建筑业老项目是按简易征收还是按一般计税方法？
- 简易征收项目和一般计税项目可以开在同一张发票上吗？
- 按照16%税率开票后，增值税申报时填写在哪一行？
- 简易征收项目可以开具专用发票吗？
- 建筑服务如果采取清包工的方式可以简易计税3%缴纳增值税吗？
- 一个建筑企业，可以同时存在一般计税方法和简易计税方法吗？
- 建筑项目，选择适用简易计税办法，征收率是多少？
- 符合什么条件的房地产老项目可以选择简易征收？
- 一般纳税人跨县(市、区)提供建筑服务，选择适用简易计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照多少预缴增值税？
- 一般纳税人企业提供建筑服务，预缴税率是否要扣除分包方的再进行预缴？
- 我企业属于一般纳税人建筑类，主要从事劳务分包，能否申请简易征收？
- 建筑施工企业在异地施工预缴增值税抵扣分包款需要什么资料？
- 增值税一般纳税人提供建筑服务按照简易办法计算缴纳增值税是否需要向税务机关申请备案手续？
- 建筑服务跨区域办理增值税预缴，劳务派遣可以从分包款中扣除吗？
- 适用简易计税方法计算缴纳增值税的建筑工程老项目应符合什么条件？
- 一般纳税人建筑行业清包工税率是多少？
- 非居民企业在中国境内承包工程作业或提供劳务的，需要什么时间内向税务机关办理税务登记手续？
- 境内机构和个人向非居民发包工程作业或劳务项目，所有的业务都需要办理扣缴税款登记吗？
- 为甲供工程提供的建筑服务需要备案吗？
- 境内机构和个人需要进行发包工程作业或劳务项目备案的情形有哪些？
- 中国境内承包工程作业或提供劳务项目的非居民企业申报企业所得税时，需要哪些资料？
- 非居民企业来华承包工程作业或提供劳务未办理税务登记的，什么情况需要指定扣缴义务人？
- 居民企业到异地提供工程服务，要去税务机关做哪些手续？
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