非居民企业发生股权转让属于《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号以下简称《通知》)第七条第(一)项情形的，主管税务机关应当自受理之日起30个工作日内就备案事项进行调查核实、提出处理意见，并将全部备案资料以及处理意见层报省(含自治区、直辖市和计划单列市，下同)税务机关。
税务机关在调查核实时，如发现此种股权转让情形造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，包括转让方把股权由应征税的国家或地区转让到不征税或低税率的国家或地区，应不予适用特殊性税务处理。 非居民企业发生股权转让属于《通知》第七条第(二)项情形的，应区分以下两种情形予以处理：
1.受让方和被转让企业在同一省的，按照本公告第五条规定执行。
2.受让方和被转让企业不在同一省的，受让方所在地省税务机关收到主管税务机关意见后30日内，应向被转让企业所在地省税务机关发出《非居民企业股权转让适用特殊性税务处理告知函》。
依据：
国家税务总局关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告
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