一、航空运输企业汇总缴纳的增值税实行年度清算。
二、年度终了后25个工作日内，总机构应当计算分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务年度清算的应纳税额，并向主管税务机关报送《___年度航空运输企业年度清算表》。
计算公式为： 分支机构年度清算的应纳税额＝（分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的年度销售额÷总机构汇总的年度销售额）×总机构汇总的年度应纳税额 总机构汇总的年度应纳税额，为总机构年度内各季度汇总应纳税额的合计数。 三、年度终了后40个工作日内，总机构主管税务机关应将《___年度航空运输企业年度清算表》逐级报送国家税务总局。
四、分支机构年度清算的应纳税额小于分支机构已预缴税额，且差额较大的，由国家税务总局通知分支机构所在地的省税务机关，在一定时期内暂停分支机构预缴增值税。
分支机构年度清算的应纳税额大于分支机构已预缴税额，差额部分由国家税务总局通知分支机构所在地的省税务机关，在分支机构预缴增值税时一并补缴入库。
依据：
国家税务总局关于发布《航空运输企业增值税征收管理暂行办法》的公告
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