分公司对应的是总公司，是同一个法人单位，对应总分公司之间的合同属于“印花税的应税合同”也不需要缴纳印花税；对于企业所得税应该汇总申报，税法有规定的，应该就地预缴，汇总清算；对于增值税来说，可能分别是增值税纳税人，也可能是一个增值税纳税人。
子公司对应的是母公司，是不同的法人单位，对于企业所得税应该分别缴纳。经过批准的，也可汇总缴纳；对于增值税来说，肯定分别是增值税纳税人，另母子公司具有风险隔断的功能。
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